Il SAIUN (MYRT) secondo il codice alleato, era un ricognitore veloce che avrebbe dovuto operare dalle portaerei, ma in realta' partiva sempre da basi a terra dato che gli USA avevano azzerato la forza navale giapponese. Successivamente, armato con un cannone da 30 mm inclinato sul dorso o anche 2 cannoni da 20 mm, fu sfruttato come caccia notturno contro i bombardieri americani, SAIUN-KAI, ed e' questo il modello che presento.
Benché progettato specificatamente per operare dalle portaerei, quando entrò in servizio nel settembre 1944 erano poche le portaerei in grado di equipaggiarsene per cui venne utilizzato da basi a terra. La superiorità in velocità massima rispetto ai velivoli alleati è esemplificato da un messaggio telegrafico inviato dopo il successo di una delle prime missione: "Nessun Grumman riesce a prenderci" ("????????????").
La produzione complessiva ammonta a 463 esemplari. Venne realizzato un singolo prototipo equipaggiato con un motore sovralimentato tramite turbocompressore abbinato ad un'elica quadripala al quale venne assegnato la designazione C6N2 Saiun-kai. Vennero inoltre sviluppate due versioni avviate alla produzione in piccola serie, una versione caccia notturno, la C6N1-S, equipaggiata con un cannone da 30 mm, o in alternativa da due cannoncini da 20 mm accoppiati, installato in posizione obliqua (configurazione Schräge Musik) ed una versione aerosilurante, la C6N1-B. La possibilità di impiegare la versione C6N1-B venne meno a causa della progressiva distruzione della flotta portaerei della Marina imperiale. Nella fase finale del conflitto, con la sempre maggiore facilità dei bombardieri alleati di arrivare sfruttando la minore visibilità notturna nel cuore del territorio giapponese, divenne necessario disporre di una nuova classe di caccia notturno. Ciò ha portato la Nakajima a sviluppare il C6N1-S, rimuovendo il posto per l'osservatore e sostituendolo con due cannoni da 20 mm. La sua effettiva efficacia in combattimento venne ostacolata dalla mancanza di sistemi radar aria-aria, anche se era abbastanza veloce per godere quasi completamente dell'immunità dalle intercettazioni da parte dei caccia di scorta alleati.
Benché la sua velocità e le prestazioni generali ne fecero un velivolo difficilmente intercettabile, il 15 agosto 1945 fu proprio un C6N1 ad essere l'ultimo aereo ad essere ufficialmente abbattuto prima della conclusione della seconda guerra mondiale. Solo cinque minuti più tardi il Giappone avrebbe dichiarato la sua resa ed a tutta la flotta aerea venne ordinato di tornare alle proprie basi.